Strokovni svet je najvišji strokovni kolegijski organ centra, ki obravnava vprašanja s področja strokovnega dela centra. Ima 7 članov, sestavljajo ga strokovni delavci in strokovni sodelavci, ki jih v strokovni svet imenuje direktor. Njihov mandat je vezan na mandat direktorice.
Člani strokovnega sveta:
Dr. Metka Novak, vodja OE IVO
Barbara Hegedüš, vodja OE VIZ
Nikolaja Tevž Cizej, dr. med., spec. FRM
Matej Pelicon, vodja socialne službe, predsednik Strokovnega sveta
Tomaž Bratuša, vodja psihološke službe
Špela Byrne, vodja enote Mavrica
Irena Škof Pevec, vodja ZN